PP. Al Fatih As Syafii didirikan atas dasar kepedulian terhadap kebutuhan masyarakat akan pendidikan Islam yang berkualitas, terjangkau, dan mudah diakses. Gagasan pendiriannya bermula pada tahun 2017 ketika Kiai Agung Wijaksono, M.Pd. berdiskusi ringan dengan mertuanya, Kiai Ali Suwarno, untuk mendirikan sebuah lembaga pendidikan yang dapat memberikan manfaat lebih luas bagi masyarakat sekitar.
Berangkat dari kondisi saat itu, banyak anak dan santri yang harus menempuh perjalanan cukup jauh untuk memperoleh pendidikan formal. Di sisi lain, masih ditemukan anak-anak yang tidak melanjutkan pendidikan setelah lulus sekolah dasar karena berbagai keterbatasan. Keadaan tersebut mendorong lahirnya cita-cita untuk menghadirkan lembaga pendidikan yang lebih dekat dengan masyarakat sehingga setiap anak memiliki kesempatan yang lebih besar untuk memperoleh pendidikan yang layak.
Selain mempermudah akses pendidikan, pendirian PP. Al Fatih As Syafii juga dilandasi keinginan untuk menghadirkan sekolah yang lebih disiplin, lebih serius dalam pembinaan karakter, serta lebih berkualitas dalam proses pembelajaran. Harapannya, masyarakat dapat memperoleh layanan pendidikan yang bermutu tanpa harus meninggalkan lingkungan tempat tinggal mereka.
Langkah awal dimulai dengan penyelenggaraan Madrasah Diniyah Takmiliyah Awaliyah (MDTA) sebagai sarana pendidikan keagamaan bagi masyarakat. Seiring berjalannya waktu dan meningkatnya kebutuhan masyarakat terhadap pendidikan formal yang terintegrasi dengan nilai-nilai keislaman, Kiai Agung Wijaksono, M.Pd. ingin mendirikan MTs akan tetapi desakan masyarakat untuk mendirikan jenjang pendidikan berdisiplin dan berkualitas membuat beliau mendahulukan pendirian MI hingga pada tanggal 12 Juli 2021 didirikanlah Madrasah Ibtidaiyah (MI) Al-Fatih sekaligus aktifnya proses belajar mengajar untuk pertama kalinya.
Pada tahun 2021, Madrasah Ibtidaiyah (MI) Al-Fatih memulai kegiatan belajar mengajar dengan enam peserta didik angkatan pertama di kelas I, II dan kelas III (2 orang siswa baru di kelas I, 2 orang siswa pindahan di kelas II dan 2 orang siswa pindahan di kelas III). Meskipun dengan segala keterbatasan, semangat untuk membangun pendidikan yang berkualitas terus dijaga sehingga lembaga ini semakin mendapatkan kepercayaan dari masyarakat.
Perkembangan berikutnya ditandai dengan berdirinya Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al-Fatih pada tahun 2022 yang menerima empat peserta didik angkatan pertama. Pada tahun yang sama, PP. Al Fatih As Syafii mulai menerima santri mukim sehingga fungsi pesantren sebagai pusat pendidikan, pembinaan akhlak, dakwah, dan pengkaderan generasi muslim dapat berjalan secara lebih optimal.
Hingga saat ini, PP. Al Fatih As Syafii terus berkembang sebagai lembaga pendidikan Islam yang memadukan pendidikan agama, ilmu pengetahuan umum, pembinaan karakter, serta pemanfaatan teknologi. Dengan semangat pengabdian kepada umat, pondok berkomitmen mencetak generasi yang beriman, berilmu, berakhlakul karimah, mandiri, dan siap memberikan manfaat bagi agama, bangsa, dan masyarakat.